La deidad más destacada es la diosa del sol Amaterasu Omikami, pero no hay ningún dios absoluto, como por ejemplo en el cristianismo. El sintoísmo es una religión optimista, basada en la idea de que todas las personas son básicamente buenas, y que el mal está provocado por los espíritus malignos. Los sacerdotes sintoístas celebran rituales en los templos para mantener alejado al mal mediante oraciones y sacrificios purificadores.
En la época de la restauración Meiji en el siglo XIX, el sintoísmo era la religión oficial y, junto con los mitos sobre el origen del Japón, sirvieron para instaurar el sentimiento nacionalista y fortalecer la posición del emperador. En la actualidad el sintoísmo es una religión como otra cualquiera. Además de los templos, otras manifestaciones del arte sintoísta son el teatro No y la caligrafía.
En el siglo III el confucionismo llegó a Japón a través de Corea. Junto con el taoísmo y el budismo es una de las tres religiones tradicionales de China. Su fundador, Confucio, vivió en China en el siglo V a.C. Sus principios fundamentales son la lealtad y el respeto mutuo. La influencia del confucionismo en la sociedad japonesa fue muy determinante.
En el siglo VI d.C. se introdujo en Japón el budismo, también a través de Corea. Se basa en las enseñanzas de Buddha Gautama Siddhartha, que vivió en la India en el siglo VI a.C. La idea central del budismo es la liberación de los sufrimientos provocados por los deseos, la enfermedad y las pérdidas terrenales y el logro de un estado de iluminación interna.
Tras algunos conflictos iniciales, el budismo y el sintoísmo lograron a coexistir pacíficamente e, incluso, a complementarse mutuamente. Los monasterios budistas y su ambición política y militar fueron durante siglos una verdadera espina para el gobierno japonés. Con el tiempo surgieron algunas sectas, la más conocida de las cuales es sin duda la secta zen, que nació en el siglo XII y que tuvo una gran relevancia, sobre todo para los samurái. Para el budismo zen son esenciales la iluminación a través de la meditación y una estricta autodisciplina.
En el siglo XVI llegaron los primeros visitantes europeos al Japón que además de la pólvora, trajeron consigo el cristianismo. Los misioneros jesuitas fueron los primeros en intentar la conversión de los japoneses, y más tarde se les unieron los monjes franciscanos. Cien años más tarde el cristianismo estuvo a punto de desaparecer debido a la prohibición gubernamental y la persecución de los cristianos, pero con la libertad religiosa a finales del siglo XIX el número de cristianos volvió a aumentar.
